核酸染料對動物和人的毒性由多方面決定。

    一是染料的膜通透性。EB 被歸類為強誘變劑是由于其分子量較小，容易進入細胞內。而 EB 二聚體 Ethidium Homodimer（EthD）嵌入 DNA 的能力比 EB 強上千倍，但毒性很小，就是由于其分子比 EB 大，不能透過細胞膜，所以毒性反而更低。SYBR 系列染料雖然低毒，但由于一般都溶于 DMSO（因為容易水解，不能使用水溶液做溶劑） 中，所以如果濺到皮膚表面，更容易進入皮膚。

    二是染料是否容易被人體降解。比如 EB 在體外就很難降解，一旦進入體內能在人體內殘留的時間可能比較長，增加了毒性；而 SYBR Green I 等染料（也能以嵌入方式與 DNA 結合）由于不穩定，比較容易自然降解，所以毒性自然較低。

    三是降解產物是否有毒性。比如用很多方法（如強堿法）降解 EB 得到的產物有的比 EB 毒性更大，而有的染料降解產物毒性卻低很多，甚至無毒。

    四是染料進入細胞核以后是否能跟 DNA 結合。很多實驗結果顯示即使 EB染料也很難嵌入型到染色體中，因為染色體的 DNA 已緊密地與組蛋白結合。五是染料與 DNA 的結合方式。如果是嵌入式結合（如 EB 染料），則容易在DNA 復制時引起突變；如果是附著式結合（本產品），則不容易引起突變。 六是細胞修復突變的能力。正常人體都有很強的修復突變的能力，如修復日光中 UV 誘導的 DNA 突變。總之，一種 DNA 染料的毒性強弱是多種因素綜合的結果。